Hafnasamband Íslands var stofnað árið 1969 að frumkvæði Sambands íslenskra sveitarfélaga, en þar sem hafnamál eru mjög sérhæfð var talið rétt að fara þá leið að stofna sérstakt samband hafna.
Hlutverk Hafnasambands Íslands er að koma fram gagnvart ríkisvaldinu og öðrum í málum er varða hafnirnar, að efla samstarf hafnanna og að vinna að öðru leyti að hvers konar sameiginlegum hagsmunamálum þeirra, svo sem samræmingu á reglugerðum og gjaldskrám og með því að miðla reynslu og upplýsingum. Að þessum verkefnum hefur hafnasambandið unnið allt frá stofnun þess.
Hafnasamband Íslands hefur árlega látið framkvæma kannanir á fjármálum og fjárhagsstöðu hafnanna og hafa þær verið lagðar til grundvallar í viðræðum við ríkisvaldið um gjaldskrárbreytingar og fjármál hafnanna. Í Hafnarráði sem skipað er af innanríkisráðherra eiga sæti tveir fulltrúar frá Hafnasambandi Íslands og þrír fulltrúar tilnefndir af innanríkisráðherra.
Í lögum hafnasambandsins segir, að hvert sveitarfélag sem á höfn eða hafnasamlag geti gerst aðili að hafnasambandinu. Um fjórðungur íslenskra sveitarfélaga á og rekur hafnir og nú eiga 35 hafnarsjóðir aðild að sambandinu. Annað hvert ár eru haldnir hafnafundur, þar sem ýmsum upplýsingum er miðlað til starfsmanna og stjórna hafna en hitt árið eru haldinn hafnasambandsþing með fulltrúum allra aðildarhafna, þar sem kosin er stjórn og formaður hafnasambandsins.